作为国家知识产权试点园区，近三年来，合肥国家高新区企业专利申请量年均增长60%以上，目前全区80%以上企业拥有自主研发的专利。其中，2011年全区企业申请专利1600件，较上年增长167%。
从2008年开始，合肥国家高新区管委会在每年的财政预算中安排专项资金，对企业获得的知识产权给予补贴，并逐年增加。为解决中小企业融资难问题，高新区加强与银行和担保机构的合作，区内中小企业可以将自己拥有的专利权向担保机构作质押进行贷款，将专利资产“变现”，缓解融资难问题，管委会对于企业质押贷款过程发生的评估等费用给予补贴，截至目前，已有合肥菱电、金海迪尔等6家公司获专利质押贷款2250万元。
目前，以自主知识产权为核心技术，合肥高新区初步形成了以格力、三洋为主体的家电产业集群；以科大立安、美亚光电、四创电子为主的公共安全产业集群；以赛维LDK、晶澳太阳能为主体的新能源产业集群。
